Bir damıtma sütununun çalışması, malzeme dengesi, buhar-sıvı dengesi ve ısı dengesi konusunda uzmanlaşmayı gerektirir.
Malzeme dengesi, birim zamanda kolona giren malzeme miktarının kolondan çıkan malzeme miktarlarının toplamına eşit olması prensibini ifade eder. Malzeme dengesi kolonun üretim kapasitesini yansıtır ve öncelikle besleme hızı ile üst ve alt boşaltma oranları tarafından düzenlenir. Çalışma sırasında malzeme dengesindeki değişiklikler özellikle kolonun tabanındaki sıvı seviyesine yansıtılır. Kolonun çalışması genel malzeme dengesinden saptığında, bu durum kolon basınç farkındaki değişikliklere yansıyabilir. Örneğin, giren malzeme çıkandan daha fazlaysa kolon basınç farkı artacaktır.
Sabit bir damıtma kolonu için kolon basınç farkının belirli bir aralıkta olması gerekir. Basınç farkı çok büyükse, sütun içinde yükselen buhar hızı çok yüksektir, bu da şiddetli sis sürüklenmesine ve hatta su basmasına neden olarak normal çalışmayı bozar. Basınç farkı çok küçükse, sütun içinde yükselen buhar hızı çok düşük olur, bu da tepsiler üzerindeki gaz-sıvı kütle aktarım etkisini azaltır ve hatta sızıntıya neden olarak tepsi verimliliğini önemli ölçüde azaltır. Zayıf malzeme dengesi kontrolü tüm kolonun kaotik çalışmasına yol açabilir; Malzeme dengesine hakim olmak kolon operasyonunun çok önemli bir yönüdür. Normal madde dengesinin bozulması diğer iki dengeyi de etkileyecektir: Gaz-sıvı dengesi beklenen etkiyi sağlayamayacak, termal denge de bozulacak ve yeniden ayarlanması gerekecektir.
